W okre­sie prezydentury konserwatysty Rafaela Nu-ńeza (1825-1894) i jego następcy Miguela Ań tonią Cara (1843-1909) republiką Kolu­mbii wstrząsały często zaciekłe walki poli­tyczne między liberałami i konserwatystami. W 1898 konserwatyści wybrali Manuela Sanclemente (l 820?-1902) na następcę Ca­ra. Kłótnie w szeregach zwycięskiej partii stały się dla liberałów okazją do wzniecenia w 1899 powstania przeciw rządowi. Konser­watywny wiceprezydent Jose Manuel Mar-roąuin (1827-1908) dokonał 31 lipca 1900 udanego zamachu stanu, usunął prezydenta Sanclemente z urzędu i zajął jego miejsce. Doszło do krwawych starć zbrojnych mię­dzy uzbrojonymi liberałami i konserwatys­tami, wojna domowa trwała trzy lata i do­prowadziła Kolumbię do gospodarczej rui­ny. Wreszcie wojska federalne Marroąuina zdławiły powstanie liberałów i przywróciły porządek; walki zakończyły się w czerwcu 1903, straciło w nich życie około 100 tysięcy mieszkańców. Później, w tym samym roku, Panama, wówczas stanowiąca część Kolum­bii, ogłosiła niepodległość i oderwała się dzięki pomocy Stanów Zjednoczonych (patrz panamska rewolucja 1903). W 1904 na prezydenta Kolumbii wybrano generała Rafaela Reyesa (1850?-1921), który rozpo­czął odbudowę zniszczonego wojną kraju.